在大数据背景下,随着网络药理学的影响力和应用日益广泛,网络药理学在理论分析、算法发展和实际应用等方面,面临着重要的发展机遇和挑战。整合临床、实验的海量数据,结合科学验证,揭示药物对疾病的调控机制,是网络药理学研究的主要任务。
为更好地了解网络药理学的新进展,包括预测中药靶标,了解疾病和证候的生物学基础,中药方剂的网络调控机制,以及基于生物网络的疾病和证候标志物的识别。这些研究呈现出计算、实验和临床相结合的趋势,是未来中药网络药理学研究的一个很有前途的方向。我中心智能计算事业部特举办“生物大数据时代的网络药理学研究模式研讨班”。培训班由我中心的一线分析工程师授课,通过技术讲座结合实验操作,展示应用实例,现场解答技术疑问,帮助学员拓展研究思路,提升科研水平和竞争力。
主办单位:北京市计算中心有限公司
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
工业和信息化人才培养工程培训基地
北京市大数据教学实践基地
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日期 |
主题 |
内容 |
备注 |
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第一天 |
主题1:网络药理学研究思路 |
1.网络药理学的发展历程和研究现状简介
2.网络药理学SCI论文研读分析
3.网络药理学的研究思路及技术路线
4.生物网络的介绍
5.网络分析介绍 |
理论 |
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主题2:中药有效成分查找和获取 |
6.中药有效成分及靶点查找和获取
1)常用中药数据及使用:TCMSP
2)中药高通量实验和参考数据库:Herb
3)中医药证候关联数据库:SymMap
4)CTD数据库
5)基于文献的草药成分和靶标数据库:HIT 2.0
6)中医药百科全书数据库:ETCM
7)中药分子机制研究的在线生物信息学分析工具:BATMAN-TCM
7.中药有效成分靶点预测的查询及获取
1)化合物与蛋白质互作:STITCH
2)中药有效成分靶点的预测:SwissTargetPrediction
3)基于有效成分结构特征靶点预测:PharmMapper
4)中药有效成分靶点的获取:反向虚拟筛选方法
5)SuperPred
6)SEA数据库
7)bSDTNBI数据库 |
理论+
实战 |
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第二天 |
主题3:疾病相关基因的获取 |
8.中药所治疗疾病的相关基因查找和获取
1)人类疾病与基因遗传变异数据库:OMIM
2)疾病相关的基因与突变位点数据库:DisGeNet
3)人类基因数据库:Genecards
4)治疗靶标数据库:TTD
5)CTD数据库 |
理论+
实战 |
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主题4:R语言和差异基因及功能富集分析 |
9.R语言介绍
10.GO富集分析
11.KEGG富集分析 |
实战 |
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主题5:网络药理学数据整理及分析 |
12.韦恩图的绘制
13.蛋白质互作网络查询和可视化分析:STRING
14.富集分析数据库:DAVID
15.Metascape功能富集分析和信号通路富集分析
16.富集GO term BP,CC,MF三合一柱状图绘制 17.通路气泡图的绘制 18.相互作用可视化PyMOL |
理论+
实战 |
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第三天 |
主题6:网络药理学数据可视化 |
19.网络分析软件:Cytoscape
1)分析数据导入与导出
2)基本拓扑特征计算
3)重要节点识别
4)网络拓扑指标含义
5)子网络提取
6)网络可视化
7)图形导出
8)Cytoscape插件的安装和使用 |
理论+
实战 |
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20. 蛋白结构数据库及结构数据的筛选和获取:PDB、Uniprot
21. 小分子化合物结构信息查询:Pubchem、Drugbank
22.分子对接
1)对接软件的介绍及安装
2)小分子和蛋白结构文件的预处理
3)蛋白活性位点的确定
4)分子对接流程的介绍及实战
5)分子对接结果相互作用分析及可视化 |
理论+
实战 |
注:内容以实际发生为准;若调,会提前通知。
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