在生物医药迈向AI 2.0时代的今天，如何利用计算工具精准设计高亲和力的抗体已成为行业核心竞争力。本课程旨在带你跨越从“蛋白结构基础”到“AI生成式设计”的知识鸿沟。我们将深度解析抗原-抗体界面的识别机制，重点攻克决定抗体特异性的CDR-H3环路设计，并掌握SAbDab、IMGT等核心行业数据库的使用精髓。通过理论与实操的紧密结合，你将建立起一套完整的结构生物学视角，为后续的药物研发打下坚实的学术基石。
本课程更是一场从结构到序列的“实战演习”，完整覆盖了当前最尖端的AI设计管线。你将亲自上手操作RFdiffusion扩散模型，实现基于特定表位约束的Binder骨架生成；随后利用ProteinMPNN算法进行高通量序列设计，并完成复合物结构的预测与验证。无论你是希望提升设计效率的研发人员，还是向AI生物学转型的探索者，这都将是你抢占生物计算高地的绝佳机会。
主办单位：北京市计算中心有限公司
协办单位：
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
工业和信息化人才培养工程培训基地
北京市大数据教学实践基地
课程安排：2026年4月17-19日（周五--周日）上9:30-11:30 下13:30-17:00
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第一天：蛋白结构与抗体设计基础 |
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节次 |
课程主题 |
主要内容 |
课程类型 |
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第1节 |
蛋白与结构生物学基础 |
蛋白一级/二级/三级/四级结构
α螺旋、β折叠
氨基酸理化性质
蛋白折叠与稳定性 |
理论 |
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第2节 |
PDB文件与三维结构表示 |
PDB文件结构：
ATOM/HETATM
Chain ID
Residue编号
坐标体系
实验结构与AlphaFold结构 |
理论 |
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第3节 |
蛋白与抗体数据库 |
UniProt、PDB、AlphaFold DB、SAbDab、IMGT：数据类型、编号体系与使用场景 |
理论 |
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第4节 |
蛋白结构可视化基础上机 |
使用PyMOL打开抗原结构
识别链与残基
显示二级结构
从PDB提取FASTA |
上机 |
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第二天：抗体结构、表位识别与扩散模型设计 |
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节次 |
课程主题 |
主要内容 |
课程类型 |
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第5节 |
抗体结构与CDR基础 |
抗体结构组成
VH/VL
Fab与scFv
CDR1/2/3
CDR-H3的决定性作用 |
理论 |
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第6节 |
抗原-抗体界面与表位识别上机 |
在PyMOL中分析抗原-抗体复合物
标记表位残基
导出表位列表 |
上机 |
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第7节 |
基于扩散模型的binder设计原理 |
生成式结构设计思想
RFdiffusion的输入/输出
表位约束设计逻辑 |
理论 |
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第8节 |
RFdiffusion上机实践 |
从抗原结构与表位出发运行RFdiffusion
生成binder结构
理解输出文件 |
上机 |
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第三天：序列设计与scFv转化 |
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节次 |
课程主题 |
主要内容 |
课程类型 |
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第9节 |
结构到序列：ProteinMPNN原理 |
结构约束下的序列设计思想
ProteinMPNN输入/输出
采样温度与多样性 |
理论 |
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第10节 |
ProteinMPNN上机实践 |
对RFdiffusion生成的binder运行ProteinMPNN
获得多条候选序列 |
上机 |
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第11节 |
结构与复合物验证上机 |
单体结构验证
复合物结构预测
表位覆盖率与界面合理性评估 |
上机 |
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第12节 |
完整抗体设计流程综合实训 |
抗原→表位→binder→序列→验证
讨论binder向scFv graft的工程思路 |
上机 |
【主讲老师】
主讲老师具有多年生物信息学领域研究经验；研究方向：蛋白结构分析、AIDD、机器学习、基因测序数据分析、数据库构建及公共数据库挖掘等工作。在《New England》、《Plos One》和《BMCL》等国际期刊上发表了多篇学术论文。
【报名费用】
注册费：4200元/人。
开具增值税发票，提供盖章通知、结业证书等相关材料。
学习说明：
1、培训建有班级群，用于课上交流、课后答疑，群永不解散；
2、免费提供当期课程视频回看，供课后复习巩固；
3、免费赠送当期课程所用课件、软件、代码、案例资料等。
【报名优惠政策】
1、3人以上团体报名每人可减少300元；
2、4+1团报，可免费赠送一个名额；
3、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
老学员及其推荐学员参加均可额外优惠200元。
【付费方式】
手机银行或电子银行转账、银行汇款等
单位全称：北京市计算中心有限公司
账号：0200151819100023937
开户银行：中国工商银行股份有限公司北京自贸试验区永丰基地支行
（汇款信息备注：“智能计算——您的姓名”，个人汇款请备注单位名称）
注：款项支出后，请提供付款回执给工作人员，方便核实到账、开具发票。
【扫码报名】
【咨询请联系】
QQ号：2814500767
邮箱：bcc-sxpx@bcc.ac.cn
徐老师010-59341786，15801436028（微信同号）
员老师010-59341773，18701529461（微信同号）
【注】开课前三天会发送邮件通知；若未接到邮件通知，请电话咨询。
