1、通过系统性学习，掌握CADD在理性药物设计中的应用。
2、通过十余个主题的学习，带您逐步掌握计算辅助药物设计主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子结构的获取、化合物的ADMET性质预测、蛋白结构分析、蛋白结构预测、虚拟筛选、分子对接（半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突变对蛋白结构和功能的影响、分子动力学模拟软件Amber和Gromacs的使用与分子动力学模拟结果分析。
课程通过理论结合实例讲解并自主练习，达到即学即用效果，帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术，助力学术研究。
主办单位：北京市计算中心有限公司
课程安排：2026年3月17-20日（周二-周五） 上9:30-11:30 下13:30-17:00
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日期 |
主题 |
内容 |
备注 |
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第一天 |
CADD理论与分子动力学模拟概述 |
1. 计算机辅助药物设计的概念以及方法概述
2. 计算机辅助药物设计经典论文讲解
3. 生物分子相互作用研究方法概述
4. 计算生物学概述
5. 分子动力学简介
5.1 分子力场的介绍
5.2 分子力场的原理
5.3 分子力场的分类及应用
6. 挑选最新论文，进行论文思路阐述 |
理论 |
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分子结构数据库介绍 |
7. Uniprot数据库介绍
8. PDB：蛋白结构数据库介绍
8.1 PDB蛋白质数据库的介绍
8.2 PDB蛋白质数据可获取的资源
8.3 蛋白的结构类型、数据解读及下载
9. Pubchem：化学小分子结构获取
9.1 Pubchem数据库简介
9.2 Pubchem数据库小分子结构查询
9.3 Pubchem数据库批量下载方法介绍
10. Drugbank数据库介绍
11. ZINC：虚拟筛选小分子数据库介绍与应用
11.1 ZINC数据库介绍
11.2 ZINC数据库小分子批量下载方法介绍
12. 候选化合物ADMET性质预测 |
理论+
操作 |
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蛋白氨基酸突变对蛋白的影响 |
13. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可视化
14. 氨基酸突变对蛋白质结构的影响分析 |
理论+
操作 |
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软件安装 |
15. 分子模拟软件安装 |
实践 |
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第二天 |
分子结构可视化软件简介 |
16. ChemBioOffice介绍
17. PyMOL分子结构可视化软件介绍 |
理论+
操作 |
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蛋白质和小分子对接实战 |
18. Autodock软件原理及功能介绍
18.1 小分子配体结构处理
18.2 蛋白受体结构优化和处理
18.2.1 蛋白质结构文件可视化
18.2.2 蛋白质结构文件详解
18.2.3 蛋白质结构文件原子坐标解读
19. Autodock vina软件原理及功能介绍
20. 分子对接和对接结果分析
20.1 半柔性对接计算
20.2 对接结果分析
20.3 最优对接构象的选择
21. DS软件分析对接结果分析
22. 实例讲解与练习：HIV-对接 |
理论+
操作 |
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虚拟筛选演示与实战 |
23. Linux基础
23.1 Linux服务器连接
23.2 数据传输
23.3 Linux常用命令
24. 基于高性能计算集群的药物虚拟筛选
25. 高性能计算虚拟筛选操作演示
26. 虚拟筛选结果分析 |
理论+
操作 |
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第三天 |
分子结构可视化软件SCI绘图实战 |
27. PyMOL软件高质量论文绘图实操
28. 蛋白-小分子相互作用分析图解
29. PyMOL动画制作 |
理论+
操作 |
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蛋白质结构预测原理及软件实战 |
30. 核酸二级结构和三级结构预测
31. AlphaFold 3介绍
32. I-TASSER：蛋白质结构预测
33. Rosetta：蛋白质结构预测
34. 同源建模原理介绍
35. Swiss-model：在线同源建模 |
理论+
操作 |
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生物大分子对接实战 |
36. 大分子对接原理及应用介绍
37. z-dock软件介绍与使用
38. Rosetta软件介绍与使用
39. 其他生物大分子对接在线工具的介绍与使用
40. 蛋白-蛋白对接结果分析与解读 |
理论+
操作 |
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第四天 |
药物设计中的量子力学概述 |
41. 量子力学简介
42. 量子力学与化学键的本质
43. 化学键的模拟方法及常用软件 |
理论 |
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分子动力学模拟原理及软件实战 |
44. 模拟体系的构建方法介绍
45. Amber：结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练
46. Gromacs：结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练
47. 分子动力学计算与结果分析
47.1 结合自由能的计算分析
47.2 轨迹文件常见分析：RMSD、RMSF、回旋半径等 |
理论+
操作 |
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生物分子结构可视化软件介绍与使用 |
48. VMD：结构可视化软件操作演练
49. VMD查看分子动力学模拟结果
50. VMD作图实例讲解与练习 |
理论+
操作 |
注：内容以实际发生为准；若调，会提前通知。
携带电脑：各位学员听课请自备笔记本电脑（Windows 64位系统，推荐win10及win11）；若只能携带苹果电脑，请提前自行安装好所需软件。
【报名费用】
注册费：5600元/人（含当期听课费、资料费、证书费、考试费（如有））。
【报名优惠政策】
1、3人以上团体报名每人可减少300元；
2、4+1团报，可免费赠送一个名额；
3、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种；
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
【付费方式】
手机银行或电子银行转账、银行汇款等
单位全称：北京市计算中心有限公司
账号：0200151819100023937
开户银行：中国工商银行股份有限公司北京自贸试验区永丰基地支行
（汇款信息备注：“智能计算——您的姓名”，个人汇款请备注单位名称）
注：款项支出后，请提供付款回执给工作人员，方便核实到账、开具发票。
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【咨询请联系】
QQ号：2814500767
邮箱：bcc-sxpx@bcc.ac.cn
徐老师 010-59341786，15801436028（微信同号）
员老师 010-59341773，18701529461（微信同号）
【注】开始前一周会发送邮件通知；若未接到邮件通知，请电话咨询。
