日期

主题

主要内容

备注

第一天

代谢组学概述

1.代谢组学研究背景

2.代谢组学技术发展和技术原理

3.代谢组学技术路线及实验介绍

4.代谢组学前沿热点

5.空间代谢组学介绍

理论

代谢组学-色谱质谱基本原理介绍

1.代谢组学检测难点

2.LC-MS色谱质谱原理

3.GC-MS色谱质谱原理

理论

R语言基础入门

1.R语言简介

2.R语言安装及配置

3.R语言数据结构

4.R语言数据处理

理论

+实战

第二天

代谢组学数据预处理及数据挖掘

1.下机数据处理流程

2.常见数据分析介绍

3.高级分析介绍

4.代谢组学案例分享和思路解析

5.代谢相关多组学案例分享和思路解析

5.1代谢组与转录组联合案例分享和思路解析

5.2代谢组和微生物组联合案例分享和思路解析

理论

R语言绘图

1.箱图

2.小提琴图

3.代谢物差异条形图

4.代谢物富集分析图

5.代谢物聚类热图

6.代谢物Biomarker ROC曲线

7.PCA分析、OPLS-DA分析

理论

+实战

第三天

蛋白质组学研究方法与临床应用

1.蛋白质组学研究方法概述

1.1基于质谱的蛋白质组学发展史

1.2蛋白定性检测原理：背景介绍、二级质谱、鉴定碎片离子

1.3蛋白定性数据解析原理：搜库工具、搜库流程、鉴定结果评估

1.4蛋白定量算法：基于MS1的定量、基于MS2的定量

1.5蛋白质组学不同数据采集模式：DDA、SRM/MRM、DIA

2.蛋白质组学样品前处理

2.1样品前处理的目的

2.2样品的收集与保存：组织样品、细胞样品、血清样品、尿液样品

2.3样品的处理步骤

3.蛋白质谱的原理及使用

3.1质谱仪的分类介绍：磁质谱仪、飞行时间质谱仪、四级杆质谱仪、离子阱质谱仪、FTICR和Orbitrap

3.2质谱仪性能参数：检测限、线性范围、分辨率和质量准确度

3.3串联质谱类型及工作原理（液质联用技术）

3.4质谱仪的使用与维护（纳升液相系统、液质联用系统）

3.5质谱运行状态的评估

4.蛋白质组学数据分析基础

4.1质谱数据格式和结果报告的质控

4.2DDA模式的工作原理

4.3同位素对质谱分析的影响

4.4原始谱图的处理

4.5什么是b-y离子

4.6DIA数据非依赖性采集

4.7搜库原理及技巧

4.8蛋白质组学相关的数据库及使用方法

5.临床蛋白质学研究（肿瘤蛋白质组、尿液蛋白质组、血浆蛋白质组）

5.1队列研究的实验设计

理论