虚拟筛选平台

    随着近年来功能性基因组学和结构基因组学的发展,在现代药物发现中使用虚拟筛选发现新的先导化合物已成为一种普遍的做法。其基本途径为通过对蛋白质的结构分析,选定适当的药物靶点,针对该靶点利用现有的小分子库进行一对一的模拟分子对接,然后预测小分子的构象和结合亲和力。基于分子对接的小分子化合物的虚拟筛选是目前最有潜力的药物开发工具,可以有效的节约时间和费用,辅以计算辅助药物设计,基本可以确保发现新的先导化合物。


     蛋白质靶向小分子化合物虚拟筛选平台构建于北京市计算中心超算平台之上。该平台选用当前最受关注的基于分子对接的虚拟筛选技术,利用开放源代码的分子对接软件或商业软件,并辅以自主开发,每天可以有效开展多达数百万小分子的虚拟筛选,是目前国内最大的in silico药物筛选平台之一。该平台旨在面向国内外药物研发科研院所和企业,提供蛋白质靶向的小分子药物虚拟筛选运算和分析服务。使用户降低技术和经济门槛,节约开发和管理成本,提高资源利用率,并促进科技进步和技术创新,为用户创造长期的市场效益和潜在的业务增长。


    我们现在正在进行的课题有两项:


    1) 耐药菌相关蛋白靶向的小分子化合物虚拟筛选。


    2) GPCR靶向的小分子化合物虚拟筛选。


    利用我们构建的小分子化合物虚拟筛选平台,结合生物活性实验验证,成功发现二个具有抗耐药菌作用的小分子先导化合物。将提交两项专利申请。


    对于平台的使用,首先需要用户进行注册,填写相关信息,包括用户名、邮箱、电话、研究方向、单位、通讯地址等,其中邮箱和电话等联系方式是非常必要的,筛选的时间与用户选择的数据库和用户自定义的配置文件和蛋白文件有关,选择的数据库越大,需要的时间越长,因此需要与用户及时沟通。该平台的使用流程如下:

 


    对于虚拟筛选的部分,首先需要用户准备好蛋白质结构分析的配置文件和pdbqt格式的蛋白质文件,用户可以应用MGLTOOLS软件得到蛋白质结构分析的配置文件和pdbqt格式的蛋白质文件,具体方法可以参加我们的培训班学习。

 

    平台提供可选择的小分子化合物数据库,用户根据自己的需求选择合适的数据库、选择autodock或vina来进行筛选,提交后等待筛选结果。

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